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　高温期にのみ見られ、肥大根中心部全体が淡い黄褐色または赤褐色に変色する。外観的には異常のないことが多い。写真１は現地で見られた赤芯症のダイコン。写真２は顕微鏡写真、細胞壁や細胞内が褐色に着色している。

　根肥大期に、高地温などの環境要因、リン酸やホウ素の欠乏が関与し、根にポリフェノールが蓄積して褐色になると考えられている 。リン酸の欠乏しやすい黒ボク土壌で発生しやすい。またリン酸資材の中でも過リン酸石灰の効果が特に高いことから、過リン酸石灰に含まれるイオウやカルシウムも関係していると考えられる。

　品種間差があるため、発生しやすい品種を避ける。黒ボク土の畑では完熟堆肥10a当たり3t、または過リン酸石灰10a当たり400kgの施用によって発生が大幅に減少する。これに加えてホウ酸10a当たり4kgを同時に混合施用すると効果が高いとされる。