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外葉から黄化が始まり、次第に株全体の葉がしおれるようになり、やがて枯死する。苗が生育不良になったり、株が次々と立枯れとなる。罹病株は根が侵されることから、引き抜くと容易に抜ける。株基部を切断すると維管束が褐変している。

病原：糸状菌（かび）　フザリウム オキシスポラム　f．sp． セペ
病原菌は罹病植物体上に大型分生子・小型分生子・厚膜胞子を形成し、厚膜胞子が土壌中で長期間生存して感染源となる。ネギを連作し、発生を繰り返すことで病原菌が蓄積、被害が大きくなる。夏季高温時に発生が増加する。ハウス栽培など土壌が乾燥状態となる時に発生が多い傾向がある。

腐熟した有機質を施用した圃場では発生が少ない。砂質土壌で被害が多い傾向にある。発病圃場ではネギの連作を避ける。
苗定植前にトップジンＭ水和剤、トリフミン水和剤で苗根部浸漬処理することで被害防止ができる。
多発圃場では、バスアミド微粒剤、クロールピクリンなどで土壌消毒する。
亜リン酸肥料の施用はネギの生育が良好となり、萎凋病発生の軽減効果があるとされる。