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葉、茎、葉柄などトマトのあらゆる部位に発生する。特に果実の被害が最も大きい。育苗期や定植後の幼植物では、葉・茎・葉柄に発生する。葉には褐色の大型円形病斑を生じ、茎や葉柄には暗褐色水浸状の円形病斑を生じる。病勢の激しいときには、被害部より上の茎葉が枯死する。生育後期には、これら組織のほか、花弁・果梗・果実に発生する。古い花弁やがく片などが褐変し、その後、果頂部やへたの付近から果実へ病原菌が侵入し、開花前後のものでは褐変枯死して落果する。親指大以上の果実では、水浸状暗褐色の小型円形病斑を形成し、次第に拡大して果実を軟化腐敗させる。葉や茎には被害花弁や果梗が落下し、葉上や枝の分岐部などに付着すると、その部分から発病する。これら病斑上には、灰褐色のかびを密生し、たたくとほこりのように胞子が飛散する。
収穫近い果実には、径１〜２mmの黄白色円形の中心のある小斑点（ゴーストスポットと呼ばれる）を多数生じることがある。

病原：糸状菌（かび）　ボトリチス　シネレア
ほとんどすべての野菜、花きを含めて、極めて多くの植物を侵す。20℃前後の比較的冷涼な気温と多湿条件で発生する。これは晩秋から早春の施設栽培の環境に当たり、被害作物残さや被害組織上に無数の胞子を形成して空気伝染する。

灰色かび病は、施設栽培特有の病害で、冬季に多重被覆栽培し、施設内が多湿で太陽光線が少なくなることで多発する。密植したり、チッソ過多で茎葉が繁茂すると発生を助長する。施設栽培では、換気を十分とり、乾燥条件にすることで被害を軽減できる。多発すると防除が難しくなるので、発病初期に防除することが大切。花弁に付着した病原菌から感染が始まり、花弁を除去すると被害は少なくなる。ハウスなどでは、紫外線カットフィルムを使うことで発生を抑制できる。
防除薬剤は、トマト・ミニトマトに対して、ミギワ10フロアブル、ケンジャフロアブル、ピカットフロアブル、ベルクートフロアブル、パレード20フロアブル、ネクスターフロアブル、セイビアーフロアブル20、アフェットフロアブル、ピクシオDF、ファンタジスタ顆粒水和剤、ニマイバー水和剤などが利用できる。生物薬剤としては、エコショット、バイオワーク水和剤、バチスタ―水和剤、インプレッションクリア、アグロケア水和剤がトマト・ミニトマトで利用できる。同一薬剤の散布は、薬剤耐性菌発生の恐れがあるので、同一薬剤の散布を避け、異なる薬剤を散布する。

注．2003年の改正農薬取締法施行に伴い、「トマト」と「ミニトマト(直径３cm以下のもの)」とは、農薬登録にかかる薬効･薬害の取り扱い上、別個の作物分類に属することになりました。したがって、「トマト」に登録のある農薬を「ミニトマト」に使用される場合は、予め「ミニトマト」に対する登録の有無をご確認ください。