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養液栽培の病害である。根の一部の褐変に始まり、病勢の進展につれて根系全体の褐変、ついには腐敗、黒変に至る。地上部は初め、茎頂部が日中しおれ、夜間に回復する状態が２週間から１カ月続き、ついには全体が萎凋、枯死する（病原菌：ピシウム　ミリオタイラムによる場合）。病原菌ピシウム　ディソトカムの場合には、茎頂部の萎凋のみで枯死しない。

病原：糸状菌（かび）　ピシウム　ミリオタイラム、ピシウム　ディソトカム、および　ピシウム　アファニデルマータム
病原菌はいずれも水かびの仲間であり、水中を伝染する遊走子と呼ばれる器官を作り、これが伝染源となって急速に伝搬する。病原菌は、罹病残さ（腐敗した根など）に卵胞子を形成して越冬し、翌年の感染源になる。
ピシウム　ミリオタイラム、ピシウム　アファニデルマータムによる場合は春から夏の高温期に発生し、ピシウム　ディソトカムによる場合は冬季の低温期に発生する。

主に養液栽培で発生する。白色疫病同様、苗などの罹病植物により被害が発生する。被害圃場では、資材などに病原菌が残り、伝染病を繰り返すことがある。トマトを定植するポットや培地、発泡スチロールパネルを消毒する必要がある。発泡スチロールの消毒では、次亜塩素酸製剤よりも、熱（60℃程度）による殺菌が有効である。
薬剤防除では、水耕栽培の培養液中に使える防除資材オクトクロスが登録されている。トマトの苗を定植する１日前に培養液に添加しておくだけで、根腐病が防除できる。
高温期に発生する根腐病では、培養液温度を20℃前後の低温管理で防止できる。

注．2003年の改正農薬取締法施行に伴い、「トマト」と「ミニトマト(直径３cm以下のもの)」とは、農薬登録にかかる薬効･薬害の取り扱い上、別個の作物分類に属することになりました。したがって、「トマト」に登録のある農薬を「ミニトマト」に使用される場合は、予め「ミニトマト」に対する登録の有無をご確認ください。